Poniżej główne spoilery!
Pod koniec epickiego filmu przygodowego o potworach Petera Jacksona z 2005 roku, King Konga , tytułowa małpa spada z budynku Empire State i ginie po przegranej bitwie z kilkoma pilotami myśliwców. Carl Denham grany przez Jacka Blacka stoi obok swojego gigantycznego trupa na chodniku poniżej i chorobliwie mówi: „To nie były samoloty. To Piękna zabiła Bestię. To tragiczny koniec dla ogromnego naczelnego, który nigdy nie prosi, żeby go zaciągnięto do Nowego Jorku i zamieniono w dziwaczne przedstawienie, i rozgrywa się podobnie od czasu jego pierwszego pojawienia się na srebrnym ekranie w 1933 roku. Na szczęście Kong w Kong: Wyspa Czaszki dostaje lepszą ofertę.
Wersja tej opowieści autorstwa reżysera Jordana Vogta-Robertsa mądrze porzuca całkowicie fabułę „Sprowadźmy King Konga do Nowego Jorku” i zamiast tego postanawia nieco głębiej przyjrzeć się roli Konga na wyspie. Naukowiec Bill Randa (John Goodman) jest członkiem ściśle tajnej organizacji rządowej Project Monarch i postanawia zebrać ekipę ludzi, którzy będą mu towarzyszyć w wyprawie na tajemniczą i niezbadaną Wyspę Czaszek na południowym Pacyfiku w 1973 roku. Rekrutuje eskadrę helikopterów Sky Devils dowodzoną przez podpułkownika Prestona Packarda (Samuel L. Jackson), a także tropiciela Jamesa Conrada (Tom Hiddleston) i fotograf wojenny Mason Weaver (Brie Larson). Kong szybko wyskakuje z dżungli i zaczyna uderzać w niebo helikopterami pełnymi żołnierzy, co natychmiast zabija mnóstwo ludzi, ale pozostawia podstawową grupę ocalałych, którzy muszą spróbować przedostać się przez wyspę w ciągu trzech dni na zaplanowany odbiór.
Gdy grupa desperacko próbuje przetrwać, spotykają Hanka Marlowa (John C. Reilly), amerykańskiego pilota, który utknął na wyspie 30 lat wcześniej po katastrofie jego samolotu z czasów II wojny światowej. Przeżył, przypodobając się rdzennym mieszkańcom wyspy, którzy czczą Konga jak Boga, ponieważ chroni ich, a także resztę wyspy przed gadzimi potworami („Skullcrawlers”) żyjącymi pod ziemią. Jedyną rzeczą, która powstrzymuje przywódcę Skullcrawlerów, „Wielkiego”, przed powstaniem i zniszczeniem wszystkiego, jest istnienie Konga. Większość grupy zgadza się, że Kong, choć przerażający, jest niezbędny i to oni naruszają jego terytorium. Mimo to Packard, wściekły, że kolosalna małpa odebrała życie jego żołnierzom i desperacko pragnący ostatniej misji, która nadała mu sens życia, jest zdecydowany zabić Konga.
Packard przygotowuje pułapkę z materiałami wybuchowymi, aby wysadzić Konga, ale Marlow, Weaver i Conrad starają się go powstrzymać. Niestety pułapka rani Konga, a Skullcrawler Alfa budzi się. Po tym, jak Kong zabija Packarda miażdżącym kości uderzeniem pięści, broni resztę ludzi i swoją wyspę przed Skullcrawlerem Alpha. Z niewielką pomocą potężnego karabinu maszynowego Kong jest w stanie pokonać potwora i pozwala pozostałym uczestnikom wyprawy w spokoju opuścić swoją wyspę. Chociaż nie umiera Kong: Wyspa Czaszki scena po napisach ujawnia, że trwają prace nad kontynuacją, w której Kong zmierzy się z Godzillą. Czy uda mu się dotrwać do końca filmu, tak jak w latach 62.? King Konga vs. Godzilla ? Aby się o tym przekonać, będziemy musieli poczekać do 2020 roku.
